Ферапонтов Белозерский Рождества Богородицы мужской монастырь основан на рубеже XIV –XV веков, в период расширения политического влияния Московского великого княжества, около 400 лет был одним из видных культурных и религиозных просветительных центров в Белозерском крае.

История Ферапонтова монастыря в некоторых узловых моментах соприкасается с важными историческими событиями эпохи становления Русского централизованного государства, тесно связана с основными историческими событиями, происходившими в Москве в XV – XVII веках: пленением и ослеплением великого князя Василия II Темного, утверждением власти первого «государя всея Руси» Ивана III, рождением и правлением первого русского царя Ивана IV, становлением династии Романовых, ссылкой патриарха Никона.

Традиционно за дату основания Ферапонтова монастыря принимается 1398 г. В это время на холме между двух озер, Бородаевским и Паским, отдельно поселяется сподвижник  преподобного Кирилла Белозерского Ферапонт. Спустя несколько лет, подчинившись настоянию белозерского князя Андрея Дмитриевича Ферапонт ушел под Москву, в Можайск, и основал второй свой монастырь – Лужецкий.

Ферапонтов монастырь приобретает широкую известность благодаря деятельности ученика Кирилла Белозерского преподобного Мартиниана, духовника Василия II, бывшего в 1447 – 1455 гг. игуменом Троице-Сергиева монастыря.

Во второй половине XV – начале XVI века Ферапонтов монастырь стал значительным духовным, культурным и идеологическим центром Белозерья, одним из знаменитых заволжских монастырей, чьи старцы оказывали серьезное влияние на политику Москвы.

Наряду с Кирилло-Белозерским монастырем он становится традиционным местом поклонения и вкладов многих представителей русской феодальной знати (Андрей и Михаил Можайские, Василий III, Иван IV и другие). Из его стен на рубеже XV – XVI вв. вышли видные иерархи русской церкви, активно участвовавшие во внутренней жизни страны — архиепископ Ростовский и Ярославский Иоасаф (Оболенский), епископ Пермский и Вологодский Филофей, епископ Суздальский Ферапонт.

В то же время сюда ссылали крупных церковных деятелей, боровшихся за приоритет церковной власти в государстве (митрополит Спиридон-Савва, патриарх Никон). Здесь работали книгописцы Мартиниан, Спиридон, Филофей, Паисий, Матфей, Ефросин, иконописец Дионисий.

Все XVI столетие является периодом расцвета монастыря. Об этом свидетельствуют сохранившиеся вкладные и жалованные грамоты светских и духовных властей, прежде всего Ивана IV. В монастырь на богомолье приезжают Василий III и Елена Глинская, Иван IV. Вкладная книга монастыря, начатая в 1534 г., называет среди вкладчиков «князей Старицких, Кубенских, Лыковых, Бельских, Шуйских, Воротынских … Годуновых, Шереметевых» и других. Здесь же упоминаются владыки Сибирские, Ростовские, Вологодские, Белозерские, Новгородские.

С обретением мощей преподобного Мартиниана и последующей его канонизацией возрастает внимание к монастырю, способствующее росту вкладов и доходов.

Богатейшему вотчиннику Белозерья – Ферапонтову монастырю в начале XVII в. принадлежало несколько сел, около 60 деревень, 100 пустошей, более 300 крестьян.

В 1490 году с постройки ростовскими мастерами первого каменного храма Белозерья, собора Рождества Богородицы, началось формирование каменного ансамбля Ферапонтова монастыря XV – XVII вв.

В XVI в. в монастыре строятся монументальные церковь Благовещения с трапезной, казенная палата, служебные постройки — каменное сушило, гоственная палата, поваренная палата. Оправившись после литовского разорения, в середине XVII в. монастырь возводит надвратные церкви на Святых вратах, церковь Мартиниана, колокольню.

В 1798 году Ферапонтов монастырь был упразднен указом Синода.

В XIX в., в приходской период, сузившуюся монастырскую территорию обнесли каменной оградой.

В 1904 году монастырь был возобновлен как женский, закрыт вновь в 1924.

В настоящее время в памятниках Ферапонтова монастыря размещается Музей фресок Дионисия, имеющий статус историко-архитектурного и художественного музея-заповедника. Музей, возникший в начале XX века, на протяжении 1930-1960-х годов осуществлял охрану памятников с помощью только одного сторожа. С 1975 года началось формирование современного музея, превратившегося в научно-исследовательский и просветительский центр, распространяющий знания об уникальных памятниках ансамбля Ферапонтова монастыря через разнообразные формы музейной работы.  В конце 2000 года ансамбль Ферапонтова монастыря с росписями Дионисия был включен в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.

Здания монастыря, пожалуй, единственные на Русском Севере, сохранили все характерные особенности декора и интерьеров.