Кирилло-Белозерский монастырь был основан в 1397 году монахом Кириллом, самым известным из учеников и последователей Сергия Радонежского.
Кирилл пришёл на берег Сиверского озера в возрасте 60 лет и скончался на 90 году жизни. Он прославился многими чудесами и вскоре после кончины был канонизирован. Мощи преподобного покоятся «под спудом» в храме Кирилла Белозерского, в экспозиции музея-заповедника хранятся вещи, которые связывают с именем святого.

Высокий духовный авторитет основателя монастыря и других кирилловских старцев превратил северную обитель местом царского богомолья. В Кирилло-Белозерский монастырь поступали вклады от Василия III, Ивана Грозного, представителей династии Романовых, многих князей и бояр. В числе вкладов были земельные владения, деньги, драгоценные иконы, книги, утварь. Богатые вклады дали возможность создать с конца ХV до конца ХVII века грандиозный ансамбль, структура которого включает в себя Большой Успенский, Малый Ивановский монастыри и так называемый Новый город.

Центральное место в ансамбле Успенского Большого монастыря занимает Успенский собор. Он был возведен в 1496 году за пять теплых месяцев артелью ростовских каменщиков и стал одним из первых каменных построек Русского Севера. Храм поражает изяществом и тонкостью внешней отделки. Позднее к стенам собора были пристроены церкви поменьше. Каждая из них имеет собственную интересную историю.

Привлекает внимание и грандиозная трапезная палата с церковью Введения. Размеры палаты дают представление о количестве монахов, участвовавших в совместной трапезе в период расцвета монастыря.

Помимо храмов на территории Большого монастыря сохранились строения XVI–ХVII веков, связанные с монастырским хозяйством (казенная палата, сушило), а также помещения, где проживали иноки: архимандричьи кельи, монашеские корпуса.

Имеется тут и больничный комплекс XVII века, состоящий из двух обширных палат, соединенных сенями и перекрытых общей кровлей. Палаты соединены с шатровой больничной церквью Евфимия. Близ него расположены Водяные ворота с Церковью Преображения над ними. Здесь располагался парадный вход в монастырь со стороны озера. За ними находилась удобная небольшая бухта, в которую входили речные суда.

В памятниках Успенского монастыря сегодня находятся музейные экспозиции: древнерусского искусства, народного искусства, археологии, истории монастыря. Прекрасные коллекции древнерусской живописи, лицевого и орнаментального шитья, рукописных и старопечатных книг, декоративно-прикладного искусства придают музею-заповеднику особую значимость и уникальность.

Особенная атмосфера умиротворения присуща территории Малого Ивановского монастыря. Здесь внимание привлекают два сооружения, чтимые как местные святыни: часовня и сень над землянкой Кирилла. По преданию здесь преподобный собственноручно соорудил деревянную часовню. По другому преданию, на месте, где когда-то была «келья ископанная в земле преподобным Кириллом», его последователи водрузили крест. В 1997 году территория Малого Ивановского монастыря была передана Церкви для возобновления монашеской жизни.

Территория Кирилловой обители существенно увеличилась в XVII веке, когда началось сооружение стен и башен Нового города – одной из сильнейших крепостей того времени. Подготовка к возведению стен началась еще до царского указа, изданного в 1653 году, и продолжалось примерно четверть века. В указе царь Алексей Михайлович заявил, что создание Нового города является делом государственной важности. На сооружение стен царь выделил 45000 рублей. Патриарх Никон назвал Кирилло-Белозерский монастырь «великой государевой крепостью».

На территории Нового города находится уникальный памятник русского деревянного зодчества: Церковь Ризоположения из села Бородавы, конца XV века. После комплексных реставрационных работ последнего десятилетия храм обрел свой прежний облик. Примечательно, что он не имеет привычных глазу глав с крестами. Уникальный иконостас из Церкви Ризоположения находится в экспозиции музея.

Со строительством Санкт-Петербурга и петровскими реформами, направленными на подчинение церкви государству, монастырь утратил прежние позиции. За два столетия сильно сократилось число монахов. Полупустые здания стали разрушаться. Косметические ремонты XIX века способны были придать им лишь внешнее благолепие. К началу XX века многие древние постройки монастыря представляли собой руины.

В годы советской власти монастырь был закрыт, а в его стенах в 1924 году был открыт Музей. Но еще раньше, с 1919 года, здесь начались реставрационные работы на памятниках архитектуры под руководством петроградского архитектора В. Данилова. В 1950-е годы московский архитектор С.С. Подъяпольский начал работу над проектом реконструкции первоначального облика ансамбля монастыря.

В феврале 1969 года было утверждено Положение о Кирилло-Белозерском музее-заповеднике – первом на территории Вологодской области. Выросло число научных сотрудников, были перестроены все экспозиции, создано большое количество постоянных и временных выставок. Новыми экспонатами музея стали и ценные археологические находки, добытые в ходе экспедиций на территории Кирилловского района и самого монастыря. Сегодня в музее около 200 сотрудников. Среднее количество посетителей превышает 200 тысяч человек в год. Среди них около 40 % – иностранцы. Музей посещают туристы из США, Великобритании, Франции, Испании, Германии, Италии, Китая и других стран.